En el año 1990 el Departamento de Educación del Gobierno Vasco califica a Amara Berri como Centro de Innovación Educativa, siendo ratificado en el año 1995 como Centro de Investigación y Experimentación, reconociéndole oficialmente las dos funciones que llevaba desarrollando hasta el momento: la investigación y renovación pedagógica así como acciones relacionadas con la formación del profesorado, asesorándose a centros de las diferentes redes, de la CAV. También el centro está abierto a profesionales e instituciones de dentro y fuera de la Comunidad que quieran conocer o formarse en este sistema, disponiendo de un plan de formación y asesoramiento.